Plateforme d’analyse protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO)

Analyses par spectrométrie de masse et bioinformatique pour la protéomique.

Site de la plateforme

Plateforme d’analyse protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO)

Analyses par spectrométrie de masse et bioinformatique pour la protéomique.

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Plateforme d’analyse protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO)

PAPPSO accompagne les équipes de recherche pour répondre aux questions de protéomique, des plus simples (identification de protéines provenant d’organismes entièrement séquencés) aux plus complexes (quantification de variations, dynamique des modifications post-traductionnelles…), dans le cadre de collaborations ou de prestations.

La plateforme réunit deux plateaux techniques. Le premier, à Jouy-en-Josas, est spécialisé en microbiologie, virologie et biologie animale, et le second, au Moulon à Gif-sur-Yvette, en biologie végétale. La complémentarité de leurs compétences et équipements permet à PAPPSO de proposer des analyses basées sur la séparation des protéines ou des peptides, ou sur des techniques de type shotgun, avec ou sans marquage isotopique.

PAPPSO est spécialisée dans le haut débit (analyse quantitative de cohortes de grande taille) et dans l’analyse d’échantillons très complexes (métaprotéomique). Elle développe des outils de bioinformatique et d’analyse de données pour traiter ce type d’expérience. Elle anime des formations sur l'utilisation de ces outils et aide les utilisateurs à interpréter leurs résultats.

Expertises et services

Analyse protéomique par spectrométrie de masse :

Identification de protéines ou peptides à partir de protéines séparées sur gel SDS, de fractions de peptides séparées par chromatographie liquide ou en shotgun, avec gradient court ou long selon la complexité du mélange,
Identification de modifications post-traductionnelles : phosphorylations, glycosylations...
Quantification relative ou semi-absolue de protéines.

Analyse des données de protéomique :

Accompagnement dans l’analyse bioinformatique et statistiques des données,
Formation à l’utilisation des outils bioinformatiques.

Moyens et équipements

Spectromètre de masse timsTOF Pro (Bruker),
Spectromètre de masse Orbitrap Fusion Lumos Tribrid (Thermo Fisher),
Spectromètre de masse Q Exactive Plus (Thermo Fisher),
Spectromètre de masse LTQ-Orbitrap (Thermo Fisher).

<hr>Opération de maintenance sur une source d’ionisation H-ESI.

<hr>Préparation d’échantillons pour une analyse protéomique.

<hr>Source d’ionisation d’un spectromètre de masse.

<hr>Spectre de masse identifiant les différents fragments d’un peptide.

Comment soumettre un projet ?

La procédure d’accès à PAPPSO est décrite sur le site web de la plateforme. Une réponse vous sera adressée dans les 15 jours. Si elle est positive, un délai estimé pour la réalisation des analyses vous sera communiqué. De rares projets peuvent être refusés si la plateforme ne dispose pas des compétences ou des équipements adaptés. Une char t e précisant les devoirs de PAPPSO et de ses utilisateurs est également disponible sur le site internet.

Exemple d'utilisation

Métaprotéomique du microbiote du tube digestif humain

La plateforme PAPPSO a été sollicitée par Catherine Juste du laboratoire MICALIS pour développer des analyses protéomiques du microbiote du tube digestif humain. L'analyse de ces échantillons très complexes a nécessité la mise au point de méthodes d’analyse par LC-MS/MS spécifiques, ainsi que de méthodes d’analyse de données adaptées à la taille et la complexité des jeux et bases de données interrogées (10 millions d’entrées).

Ces développements ont permis d’identifier plus de 10 000 sous-groupes de protéines en routine dans un échantillon de selles humaines. Ils ont aussi permis d'analyser les 250 échantillons du projet ANR Proteocardis sous-divisés en deux fractions : cytoplasme et enveloppe. Des marqueurs protéiques offrant un meilleur diagnostic de la maladie de Crohn ont été identifiés et brevetés.

Outre les compétences de PAPPSO, les projets sur la métaprotéomique du microbiote intestinal bénéficient d’un environnement favorable apportant des compétences dans la préparation des échantillons et la production de bases de données (Metagénopolis).