Plateforme de métabolomique et d’analyse chimique (PMAC)

Développement et mise en œuvre d’approches de phénotypage lipido-métabolique pour la recherche et validation de biomarqueurs en santé.

Site de la plateforme

Plateforme de métabolomique et d’analyse chimique (PMAC)

Développement et mise en œuvre d’approches de phénotypage lipido-métabolique pour la recherche et validation de biomarqueurs en santé.

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Plateforme de métabolomique et d’analyse chimique (PMAC)

Composante essentielle de la plateforme PST-ASB dédiée à l’analyse des systèmes biologiques, la plateforme PMAC est spécialisée dans l’analyse physicochimique par spectrométrie de masse (MS) et spectrométrie par résonance magnétique nucléaire (RMN). Accessible dans le cadre de projets de recherche académiques et industriels, elle offre son savoir-faire en analyse métabolomique pour la biologie et la santé. Son activité inclut le développement méthodologique et technologique, jusqu’à l’exploration lipido-métabolique de prélèvements biologiques et la validation de biomarqueurs sur des cohortes cliniques.

Implantée dans un environnement hospitalo-universitaire, la plateforme réalise des phénotypages métaboliques selon les critères utilisés en biologie médicale. Elle prend en charge des projets de recherche qui sont par nature translationnels, allant de la cellule au patient. Leur valorisation est illustrée par une production scientifique détaillée sur le site web de la plateforme.

Expertises et services

Métabolomique et lipidomique-santé :

Réalisation des étapes préanalytiques pour l’extraction métabolique de multiples types d’échantillons : sérum, plasma, urine, selles, LCR, larmes, salive, cellules et tissus biologiques,
Réalisation d’empreintes métaboliques ciblées ou semi-ciblées par MS ou RMN,
Réalisation d’analyses quantitatives ciblées par MS et RMN,
Traitement et interprétation des données.

Phénotypage biochimique clinique et préclinique :

Réalisation d’analyses quantitatives par LC-MS : acyl-carnitines, acides aminés, stéroïdes, intermédiaires du tryptophane, acides biliaires, acides organiques, acides gras à chaine courte (SCFA), neurotransmetteurs et intermédiaires du cycle de Krebs (TCA),
Réalisation d’analyses quantitatives par RMN : TMA/TMAO urinaire et acides oganiques.

Imagerie moléculaire par spectrométrie de masse :

Recherche de métabolites sur coupes de tissus,
Réalisation d'études de biodistribution moléculaire sur coupes de tissus par analyse ciblée.

Identification moléculaire :

Analyse physicochimique de produits de synthèse et d’extraits naturels,
Contrôle qualité, identification et quantification de composés secondaires lors de la production de lots.

Autres prestations :

Réalisation d’études de faisabilité,
Analyse de résultats,
Accueil individuel et personnalisé de scientifiques,
Formation aux technologies et outils de phénotypage métabolique,
Encadrement d’étudiants en master et doctorants en formation initiale,
Organisation d’ateliers et de journées scientifiques.

Moyens et équipements

Spectromètre RMN Avance III 600 MHz (Bruker) équipé d’une cryosonde TCI 5 mm et d’un passeur d’échantillon réfrigéré de type SampleJet,
Spectromètre RMN 300 MHz (Bruker) équipé d’une sonde BBI 5 mm et d’un passeur d’échantillons,
UHPLC-MS TQ Xevo TQ-XS (Waters),
UHPLC-MS TQ Xevo TQ-A (Waters),
UHPLC-HRMS Q Exactive (Thermo),
UHPLC-HRMS TOF Select Series MRT (Waters),
GC-MS Trace 1300 ISQ (Thermo),
Source DESI XS (Waters).

<hr>Développements et applications proposés par la plateforme.

<hr>Etapes d’une approche métabolomique.

Comment soumettre un projet ?

Pour soumettre une demande à la plateforme PMAC, vous pouvez passer par le portail MAMA de l'infrastructure MetaboHUB, en précisant que vous souhaitez réaliser les analyses avec « Tours MTH platform ». Après réception et analyse de vos besoins, la plateforme vous recontactera pour fixer les modalités de conception de l’étude et vous apporter des détails sur les coûts, les délais, le suivi du projet, les conditions de collaboration, d’accueil ou de formation.

Exemple d'utilisation

Maladies inflammatoires de l’intestin et modulation du microbiote intestinal

Des chercheurs du CNRS et de l’Inserm ont exploré les mécanismes impliqués dans la modulation du microbiote intestinal par Card9 et la possibilité d’utiliser l'activité agoniste AhR du microbiote fécal comme biomarqueur et nouvel axe thérapeutique dans les maladies inflammatoires de l’intestin (MICI). En effet, la protéine Card9 est un acteur clé de la réaction inflammatoire. En modulant le microbiote, elle conduit à une altération du métabolisme du tryptophane à l’origine de la production des ligands du récepteur des hydrocarbures aromatiques (AhR).

Pour ce projet, la plateforme PMAC a identifié les types cellulaires impliqués dans les effets de Card9 et évalué la pertinence de la stratégie dans un contexte de pathologie humaine. Elle a aussi réalisé les analyses métabolomiques non ciblées et ciblant le métabolisme du tryptophane sur des prélèvements issus de cultures cellulaires, d'animaux et de cohortes de 1 500 patients.

Ce programme de recherche illustre la capacité de la plateforme à produire des données lipido-métabolomiques sur des cohortes de patients pour la recherche de biomarqueurs, à proposer des hypothèses métaboliques pour la physiopathologie des maladies et à développer une approche quantitative absolue pour étudier un métabolisme sur une grande variété d’échantillons.

Pour en savoir plus : Michaudel C. et al. (2023). Rewiring the altered tryptophan metabolism as a novel therapeutic strategy in inflammatory bowel diseases. Gut, 72(7):1296-1307.

Contact

Plateforme de métabolomique et d’analyse chimique (PMAC)
UMS61 ASB
Université de Tours, UFR de Médecine
10 boulevard Tonnellé, BP 3223
37032 Tours
Région : Centre-Val de Loire+33 (0)2 47 47 97 41
[email protected]
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